Øer og holme
De fleste øer og holme i Roskilde Fjord er fredede. Holmene i nationalparken består af Jyllinge Holme ved Jyllinge og en række spredte holme i den øvrige del af fjorden. Øerne er bl.a. Lilleø, Eskilsø, Blak, Svaleø, Elleore og Ringøen.
Eskilsø er Roskilde Fjords største ø med et areal på 1,4 kvadratkilometer. Det er den eneste ø i Roskilde Fjord med faste beboere. Du kan blive sejlet over til Eskilsø fra Skovbroen ved Østskoven af opsynsmanden på Eskilsø mod betaling. På www.eskilsø1.dk kan du se, hvordan du bestiller sejlads. Eskilsø ejes af Struckmanns Naturfond, som har anlagt fire 'Spor i landskabet'. Via sporene kan du opleve øens strandenge og rige fugleliv. I øens nordlige ende ligger ruinen af et kannikke-kloster fra 1100-tallet. Fra søsiden er der kun lovlig adgang ved den lille havn på øens vestlige side.
Den lille ø Elleore, på kun 1,5 hektar, er det meste af året kun beboet af knopsvaner og sølvmåger, men en enkelt uge, hvert år, samles borgerne i Kongeriget Elleore på den ø, de kalder deres hjemland.
Ynglested for fugle
Roskilde Fjord er udpeget som EF-fuglebeskyttelsesområde. Det lavvandede område og de mange øer og holme gør fjorden attraktiv som yngle- og rastelokalitet. På de ca. 30 øer og holme yngler hvert år 10-20.000 par fugle, fortrinsvis måger, svaner, terner, klyder, strandskader, viber og i mindre omfang edderfugle, skalleslugere, skeænder, grågæs og rødben. De fleste af øerne er fredede, og færdsel er forbudt i yngletiden fra 1. april-15. juli på øer og holme samt i en 50 m. zone rundt om disse.
Plantelivet på øer og holme er enestående, fordi der ikke dyrkes og sprøjtes. De udgør derfor et vigtigt videnskabeligt referenceområde både for plantelivet som sådan og for miljøforhold i en bredere betydning.